Rikudo Sennin, dieu des shinobi, est le fondateur de l'art des ninjas et sa puissance était telle que nul homme ne le surpassait. Il affronta le démon jûbi qui était la calamité des hommes, pouvant éradiquer des pays d'un simple mouvement d'une de ses dix queues. Le Dieu affronta le Démon et le vaincu, créant la lune afin de sceller son corps au coeur de celle-ci et scindant son esprit en neuf. C'est ainsi que sont nés les bijûs, les démons à queue. Au nombre de neuf, chacun possède un nombre de queue différent allant de un à neuf avec des capacités différentes. Ils ont été créer par Rikudo, ils reçurent un nom de sa part, et demeuraient scellés à l'intérieur de celui-ci. Au moment de sa mort les démons à queue ont été libéré et attendait que la prophétie du vieil homme se réalise mais en attendant, chacun agissait de sa propre volonté.

Le Dieu des Shinobi eut trois enfants : Ashura, Indra, et Agni. Le premier fils Indra avait reçu un chakra puissant ainsi qu'une forme sous-évolué mais puissante des yeux du dieu des shinobi tandis que son deuxième fils Ashira reçu la force physique et de la volonté de son père. Le troisième, le plus jeune des trois, avait reçu le chakra puissant et la force physique du Rikudo. Ashura lui était persuadé que l'amour était nécessaire pour apporter la paix alors que l'aîné croyait que seule la puissance pouvait établir la paix dans le monde. Rikudo décida de donner sa succession à Ashura en espérant qu'il réussira à rétablir la paix mais Indra devint jaloux de son petit-frère. C'est ainsi que le conflit fratricide commença entre les deux frères qui perpétua avec le Clan Senju et le Clan Uchiha. Les Senju descendaient d'Ashura et les Uchiha descendaient d'Indra.

Quant à Agni, il fut le porteur d'une toute autre puissance. En effet Rikudo créa avec son fils des êtres mythiques que l'on nomma "Dragons". Chaque dragon fusionnait avec chaque élément excepté le Mokuton. Agni était si jeune qu'il était naturellement écarté de tout droit de succession et n'y portait d'ailleurs aucun intérêt. Tout comme ses frères, il fonda un clan nommé Tatsu qui hérita des arts ninjas unique d'Agni.

Les dragons avaient été créer à l'aide du chakra de jûbi comme les démons à queue mais ils furent aussi associé au chakra du rikudô et à la volonté innocente d'Agni. Les âmes des dragons étaient donc purs à l'exception d'un seul, le plus obscur et le plus redoutable, le dragon des ténèbres Acnologia. Le terrible dragon resta cependant loyal et fidèle à Agni jusqu'à la fin de sa vie mais une fois que ce dernier quitta le monde shinobi, Acnologia décida de devenir indépendant et invoqua une rébellion. Il prit un jeune disciple du clan Tatsu qui maîtrisait l'élément des ténèbres comme le dragon. Il lui appris les plus noirs secrets du chakra et avec ce nouveau disciple ainsi qu'autres talentueux ninja des ténèbres, il installe une monarchie sur le clan. Mais les autres dragons se rebellèrent et c'est ainsi que le clan éclata en plusieurs factions chacune représenté par un élément avec deux idées opposées : les clans soutenant le dragon des ténèbres et ceux qui voulaient respecter les idées de paix instaurer par Agni. Les dragons retournèrent alors dans leur dimension unique créer par le Rikudo et Agni, une dimension dont seul un pacte de sang d'invocation pouvait les libérer.

Des siècles passèrent et on retrouve mille ans plus tard, les shinobi toujours en guerre. Le Clan Senju et le Clan Uchiha était le plus connu et se trouvait en haut de l'échelle du monde shinobi, des ennemis jurés et des rivaux éternels, la haine qui fut généré par les deux frères continua d'exister même après un millénaire. Hashirama Senju, unique utilisateur de mokuton et chef du clan Senju, était alors reconnu comme le plus puissant shinobi existant bien que cela était un sujet à discussion puisque Madara, possesseur du Mangekyô Sharingan Éternel et chef du clan Uchiha, possédait une force égale. Des guerres sans fin jusqu'au jour où la paix fut établie entre le clan Uchiha et Senju, créant ainsi le premier village shinobi dnas le pays du feu : Konohagakure no Sato. Les villageois désignèrent Hashirama Senju comme chef du village et devient le Shodaime Hokage. Un an plus tard, Madara déserta le village et quitta son clan. Le village de Konoha rassemble de plus en plus de clan ainsi que les membres du clan Tatsu du Dragon du Feu qui était alors l'un des plus puissants du clan Tatsu. De plus, de nombreux clans prennent exemple sur la fondation de Konoha et commencèrent à faire de même dans différents pays. Un an plus tard, Madara attaque Konoha en contrôlant le plus puissant des démons à queue Kyûbi et se confronte à Hashirama. Après une longue bataille à l'endroit qui sera nommé plus tard la Vallée de la Fin, Hashirama vaincu Madara et le tua. Il scella par la suite le démon renard à neuf queue et le scella dans le corps de sa femme Mito Uzumaki. Suite à ce combat et puisqu'il n'avait désormais aucun égal, l'Histoire donna à Hashirama le surnom de dieu des shinobi. Mais ce ne fut pas le seul grand combat que marqua l'Histoire mais aussi celui de Kitai et de Yami, réciproquement le chef du clan Tatsu du Feu et le chef du clan Tatsu des Ténèbres.

Nous sommes à la fin de la première grande guerre mondiale qui vit l'ascendance et la mort de nombreux grands shinobi. Konoha perdit son premier Hokage Hashirama Senju ainsi que le Nidaime Hokage Tobirama Senju, ce dernier s'étant sacrifié face à une embuscade de ninjas de Kumo pour sauver le reste de son équipage. C'est Hiruzen Sarutobi qui devint le Sandaime Hokage, désigné par Tobirama avant sa mort. Une nouvelle aube se nouvelle et la fin de la guerre se ressent, des traités de paix commencent à voir le jour mais des conflits sanglants subsistent toujours.